Numai că, nucleul celulelor eucariote prezintă anumite particularităţi care îl deosebesc net de procariote: - nucleul eucariotelor are membrană nucleară, iar al procariotelor nu; - cromozomii la eucariote sunt mai mari decât la procariote şi au o structură diferită, mult mai complexă decât cea a cromozomului unic de la procariote; - existenţa intronilor în genele eucariote şi lipsa lor la procariote; - diferenţele care există între diviziunea simplă a procariotelor pe de o parte şi între mitoza şi meioza de la eucariote pe de altă parte; - modul diferit în care se realizează reglajul genetic etc. Vedem că eucariotele diferă calitativ de procariote, deci sunt altceva decât o simplă contopire de celule procariote. În ceea ce priveşte mitocondriile, diferenţele care există între codul genetic universal şi cel mitocondrial demonstrează că acestea nu sunt nişte celule procariote, iar interdependenţa profundă dintre metabolismul celulei eucariote şi cel mitocondrial arată că aici nu e vorba de o simplă simbioză, ci de organite celulare care fac parte integrantă din celula eucariotă. Vedem aşadar că nici din acest punct de vedere teoria evoluţionistă nu este credibilă. Un alt aspect legat de eucariote îl constituie existenţa organismelor pluricelulare cu organizare complexă. Acestea au un număr foarte mare de celule (de ordinul sutelor de miliarde) care posedă toate acelaşi genom dar, în fiecare celulă sunt active numai o parte din gene, în funcţie de rolul pe care trebuie să îl îndeplinească acea celulă. Deşi fiecare celulă în parte are propriul său metabolism, între ele există o coordonare perfectă, astfel încât fiecare dintre ele îndeplineşte un rol precis şi toate aceste celule împreună formează un singur organism. În plus, în timpul vieţii unui astfel de organism, multe din celulele componente mor şi sunt înlocuite de alte celule tinere fără ca acest fenomen să afecteze integritatea şi funcţionalitatea organismului. Este inimaginabil ca toate aceste sisteme, atât de complexe şi în acelaşi timp atât de armonioase, să fi luat naştere “întâmplător” prin intervenţia unor forţe oarbe ale naturii. Mai menţionăm un amănunt: dacă speciile de eucariote ar fi evoluat unele din altele, de la simplu la complex, ar fi trebuit ca numărul cromozomilor la fiecare specie să fie mai mare sau mai mic, în funcţie de gradul de complexitate al organismului dar, în realitate s-a observat că nu există nici o corelaţie între numărul de cromozomi şi nivelul de complexitate al organismelor.